Kubuntuにmoldenをインストールする (追加)

しばらく更新をさぼっておりました。

Kubuntuの13.04がリリースになったので、例によってVMwareにインストールしました。ちなみに、VMware上の仮想マシンを仕事に使わざるをえなくなったので、Workstationにアップグレードしています。

moldenを改めてインストールしようとして、以前の記事どおりに実行しようとしたところ、gfortranの次にlibx11-devをインストールしなければならなかったことに気づきました。たぶん、書き忘れていたのでしょう。

後は同じようにして、コンパイルは無事通りました。

C60のVRML更新

シクロヘキサンのVRMLですが、このホームページサービスの残り容量が意外に少なかったため、ちょっと考えています。コースを変えればいいのかもしれませんが(有料?)。

その前に、C60のVRMLのページを更新して、サムネイルを表示するようにしました。CF6とキュバンもそのうちに同じようにするつもりです。

シクロヘキサン追加予定

今度は、シクロヘキサンの分子軌道をVRMLにしてみたいと思っています。

C60の分子軌道

VRMLにして見てみると、エネルギーの最も低いものは節面なし、次の3つは節面1枚、次の5つは節面2枚、というふうになっています。

予想どおりではあります。

もっとも、節面の数が増えてくると、どこが節面なのかわからなくなってきます。

ちなみに、moldenはpov-ray用のファイルも出力できるのですが、レイトレーシング画像まで作ることにするかどうかは、ちょっと思案中です。

更新しました

というわけで、C60の分子軌道のVRMLを追加しました。

ドデカヘドランも追加したいです。レイアウトも変えたいですね。

C60の分子軌道のVRML

Moldenがうまく動作しているようなので、C60の分子軌道のVRMLを作成してみています。

久しぶりに、ホームページ側を更新できるかも。

Kubuntuにmoldenをインストールする

Kubuntuにはmoldenのパッケージはないようなので、ソースからインストールしてみることにします。

ソースはhttp://www.cmbi.ru.nl/molden/からダウンロードできます。

展開して、READMEを読むと、いきなりmakeでもいいみたいなので、実行してみます。

まずgfortranがないということなので、aptでインストール。これのパッケージ名はそのままgfortranです。

次はglx.hが見つからないと出ます。調べてみると、これが入っているパッケージは、libgl1-mesa-devらしいので、インストール。

次はglu.h。これはlibglu1-mesa-devをインストール。

それからmakedepend。これはわかりにくいのですが、xutils-devみたいです。

これでコンパイルが通りました。ちゃんと動作するかは、後でテスト。

点群のサンプルデータ

いくつかの分子の点群データのサンプルを示しておきます。

ちょっと変わったものが多いです。

過酸化水素

CN  2

O    8.0   0.6581279069   0.2328735651   0.2272442773

H    1.0   1.1306756234  -0.5236983989  -0.2272442773

メタン

TD  0

  C   6.0   0.0000000000   0.0000000000   0.0000000000

  H   1.0   0.6252854600   0.6252854600   0.6252854600

ネオペンタン

TD  0

  C   6.0   0.0000000000   0.0000000000   0.0000000000

  C   6.0   0.8948852665   0.8948852665   0.8948852665

  H   1.0   1.5307363129   1.5307363129   0.2864150025

ベンゼン

DNH  6

C    6.0   1.3868183034   0.0000000000   0.0000000000

H    1.0   2.4694344895   0.0000000000   0.0000000000

サルフラワー

DNH  8

  C   6.0   1.7555998654   0.7271932849   0.0000000000

  C   6.0   2.9999637820   1.2426255674   0.0000000000

  S  16.0   4.2921404132   0.0000000000   0.0000000000

シクロオクタテトラエン

DND  2

C   6.0   1.5666981184   0.6364387049   0.3957505779

H   1.0   2.4658205239   0.8009918210   0.9818180775

エタン

DND  3

C    6.0   0.0000000000   0.0000000000   0.7689221259

H    1.0   0.0000000000   1.0156376382   1.1536369949

シクロヘキサン

DND  3

C    6.0   0.0000000000   1.4712737364   0.2341230256

H    1.0   0.0000000000   1.5340445823   1.3207133821

H    1.0   0.0000000000   2.4890770614  -0.1506118196

S8

DND  4

  S  16.0   2.2019662809   0.9120842974   0.5622438608

ドデカヘドラン

TH  0

C    6.0   1.2576478345   1.2576478345   1.2576478345

C    6.0   2.0349456244   0.7772591626   0.0000000000

H    1.0   1.8854198625   1.8854198625   1.8854198625

H    1.0   3.0506062662   1.1653662827   0.0000000000

C60

TH  0

  C   6.0   1.1833731703   3.0278554980   1.4193092895

  C   6.0   2.2964935595   2.6026854014   0.7313653927

  C   6.0   3.4798671467   0.6879451794   0.0000000000

点群IhはGAMESSでサポートされていないので、部分群のThを使っています。

Molden再び

しばらくご無沙汰だったアプリケーションをまたいじってみています。

今回はMolden。バージョンが5.0に上がっていました。

これはソースからコンパイルしなければならないもの（以前もそうだったか）なので、とりあえずDebian Wheezy上で行うことにしました。./configureとかは特に必要なく、いきなりmakeでいいようです。もちろん、いろいろとライブラリ関係が足らないというエラーが出てくるので、いくつか（4つくらい?）aptitudeでインストールして、コンパイルを通しました。

速い。

軌道の3D表示などは、以前はがんばって一つ一つ書いているのが見えるようだったのですが、今では本当にさっと表示されます。

タイムスタンプを見ると、「以前」というのは2003年（10年前か）で、その頃は確かPentium 4 3.0Eを使っていました。今のマシンはCore i7 2700Kなので、ここの情報によると、スコアが20倍くらい違うようです。

こんなに違うなんて思ってもみませんでした。感慨深いですね。

Moldenですが、これにはVRLMを生成する機能があります。それをさらにいじってPov-rayのソースにして、量子化学のおもちゃ箱のコンテンツを作っていたのでした。

WinGAMESSのインストール (4)

Winmostarでの使用方法です。

まず、WinGAMESSのパスを設定します。［その他］>［パスの設定］>［(1) GAMESS］を選択し、パスを指定します。

これで［計算］メニューの［(1) GAMESS.12-64.start.］が有効になりますが、これを選択する前に［GAMESSキーワード］>［Setup］で必要なパラメーターを設定して、［Set］をクリックします。

それから［(1) GAMESS.12-64.start.］を選択します。これで計算ができるはずです。

ただ、このままだと複数CPUでの計算ができないので、CPU数を変えたい場合には、1回実行してから元の.datファイルと同じディレクトリ内にWinmostarが作成した*.inp.batファイルを開き、

call rungms [分子名].inp 12-64 1 |....

の"12-64 1"の部分を"12-64 2"とかに変えてから、このバッチファイルを実行するとよいでしょう。

また、対称性を利用して計算する場合には、同様にして、*.inpファイルを変更してから、同じバッチファイルを実行するといいはずです。