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2013年4月 3日 (水)

WinGAMESSのインストール (6)

Facioでの使用方法の続きです。

構造の最適化がうまくいったら、基準振動を調べてみましょう。

そのままFacio内から続けて実行できるはずですが、inpファイルとbatファイルを使ってみることにします。

最適化で出力されたoutファイルの最後の方に、最適化後の原子座標が記されています。テキストファイルで開き、検索文字列を「coord」とかにして、最後のほうから先頭に検索していくと、見つけやすいでしょう。

これをinpファイルにコピーアンドペーストします。ただし注意点が1つ。この場合開くのは、gamess.64ディレクトリのFacio.inpでなければなりません。

Facio.batを読むとわかるのですが、Facio.inpをFacioディレクトリの*.inpファイルにコピーしてから計算を実行するようになっています。これに気づかずに、Facioフォルダディレクトリの*.inpファイルの方を編集しても、反映されないことになってしまいます。

基準振動の計算の時は、Facio.inpの最初のほうのRUNTYP=OPTIMIZEをRUNTYP=HESSIANに変更します。

Facio.batのcall rungms.bat Facio 12-64 1 0 C:\gamess.64\Facio.outも、1のところを2とか4とかにして、並列計算するのもよいでしょう。エクスプローラーでFacio.batをダブルクリックすると、直接計算を行えます。

無事終われば、[File]の[Load New GAMESS]の、今度は[Punch for Normal Mode Vibration]で.datファイルを読み込みます。やはりgamess.64フォルダ内のFacioフォルダにできているはずです。

[Tools] > [Viewers]の[Normal Mode Vib. Viewer]がアクティブになるので、それを選択してください。いろいろ機能がありますが、[Norma Mode]の番号を選び、[Calculate animation frames]をクリックしてから、[Start/Shift Frames]をクリックすると、分子の振動の様子を見ることができます。

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