WinGAMESSのインストール (3a)

また追加。

同じジョブを繰り返し実行するときには、scrフォルダ内の*.datファイルをそのたびに消してやらないといけないみたいです。

「CPU数を増やしたのにCPU利用率が上がらないぞ」と首をかしげることになるかもしれません。

WinGAMESSのインストール (3)

インストールがすんだら、コマンドプロンプトを起動して、WinGAMESSのインストールディレクトリ (C:\gamess.64とか) に移動するのですが、一つ注意。

64ビット版の実行ファイルの名前はかなり長い (gamess.12-64.pgi.linux.blas.exeとか) なので、短くしておいた方が後々楽でしょう。用心のために、コピーを作って、そちらの名前を短く (gamess.12-64.exeとか) にします。ただ、これをgamess.exeまで縮めると、後で困ることになります。

runall.bat 12-64 1

と入力してみましょう。12-64の部分がWinGAMESSのバージョンを指定するところなので、縮めすぎるとここで困ります。1はCPU数 (論理プロセッサ数) です。

Windowsのバージョンにもよりますが、最初の起動時だけ、プログラム間の通信をファイアウォールが阻止します (見たことがない画面が出ても、びっくりしないでください)。通信を許可してやりましょう。

このコマンドで、テストプログラムを全部実行します。Core i7 2700K@3.50GHzでもある程度時間がかかります (数分程度)。タスクマネージャーでCPUの使用状況を眺めていましょう。

先ほどのコマンドの最後の1を2とか4とかにすれば、並列実行してくれます (一部の並列実行できないテストは飛ばされます)。

さて、もう少し続きます (Facioでの使用方法とか、Molekelでの可視化とか)。

WinGAMESSのインストール (2a)

ちょっと忘れてました。

PDFのインストールガイドに書いてありますが、3つのプログラムをインストールする前に、Windows Updateで重要な更新をすべて実行しておいてください。

WinGAMESSのインストール (2)

さて、メールが届いたところで、記されているURLにアクセスします。

WinGAMESS-setup-guide-64.pdfというようなファイルがあるので、ダウンロードして、目を通すことにしましょう。もちろんこれは64ビット版での話ですが、32ビット版についてはページの下の方にバイナリと説明があります。

64ビット版はいっぱいあるのですが、よくわからないときには、太字になっている2012-GAMESS-PGI-LINUX-Blas.msiをダウンロードせよ、ということなので、これにしておきます。

Blasって何だ?ということなのですが、たぶんこれのことでしょう。

クリックするとログインが求められます。ユーザー名はsource（メールに書いてある）パスワードもメールに書いてあるものを入力すると、ダウンロードできるようになります。パスワードは毎週変えているみたいです。

PDFのインストールガイドを見ると、ほかに２つほどダウンロードする必要があるようです。1つはMicrosoft Visual C++ 2010 Redistributable Package (x64)です。再配布可能パッケージですね。リンクがすでに張られているので、アクセスして、vcredist_x64.exeをダウンロードします。で、まずこちらをインストールします。

もう1つはHPC Pack 2008 R2 MS-MPI Redistributable Package with

Service Pack 1ですが、HPCというのはハイパフォーマンスコンピューティングなのでしょう。やはりリンクが張られているので、mpi_x64.msiとredist.txtをダウンロードし、msiファイルの方をインストールします。

この後で、さっきダウンロードしておいた、2012-GAMESS-PGI-LINUX-Blas.msiをインストールします。デフォルトのインストール先はC:\gamess.64\です。ただ、このままだと巨大な中間ファイルがシステムドライブに作られるので、C:にはインストールするな、という意見の方もいるようです。ただ、C:にある程度空きがあって、すごく巨大な分子を扱うわけでなければ、これで大丈夫なように思えます。D:がRAID 0になっているというなら、そちらの方がいいかもしれません。

ここではこのまま進みます。再起動が必要なようですね。

まだ続きます。

NASとの接続の盲点（速度について）

ちょっとどのカテゴリにも入らない話を。

一応仕事で使っているPCなので、ちゃんとバックアップをとった方がよいだろうなと思い、しばらく前にNASを購入しました。2TB x 2で、RAID 1で使用しています。

最初の状態で速度を見ると（Windowsのタスクマネージャーで）、だいたい250Mbps（単位に注意、だいたい30MB/sくらいか）程度出ています。ギガビットネットワークなのでもうちょっと出てもいいような気がしたのですが、そのままにしていました。

ところで、PC-NAS間の接続ですが、PCに接続している無線LAN子機のポートが1つ空いていたのでここに接続していました。常識なのかもしれませんが、これが大変な間違いでした。

PCが1台増えたところで、ギガビットスイッチングハブを購入してきて、ふと考えたのは、こちらを経由する接続なら、もっと速いのではないかということです。

PC-NASをスイッチングハブ経由で接続したところ、なんと速度が500Mbps（60MB/sくらい?）まで上がりました。

今までの苦労は何だったのだろう（別に苦労していないか。時間がかかっただけで）。

WinGAMESSのインストール (1)

ここのところしばらくやっていなかったのですが、ひさしぶりにGAMESSをいじってみる気になりました。

そうすると、以前とはいろいろ違うところがあるのに気づきました。少しずつ書いてみます。

まずは入手方法から。このあたりはそれほど変わっていませんでしたが、まずGAMESSのページに行って、How to get GAMESSのリンク（上から二番目）をクリック。なにやらいろいろ書いてありますが、中程の赤い字のobtaining GAMESSをクリックし、I agree to the above termsをクリックします。

Eメールアドレスを入力するボックスと、必要なプログラムやソースを選ぶチェックボックスがあるので、適切に入力して、下の方のSubmit Requestをクリック。

これでしばらくすると、ダウンロードページの案内がEメールで送られてきます。

続きます。

geomview

maximaでグラフを描こうとすると、通常はgnuplotが呼び出されます。

geomviewはgnuplotの代わりに使えるグラフ表示プログラムで、なかなかきれいに出力されます。3Dグラフはクリックアンドドラッグで回転できます。

こんな感じです。

これまで取り上げてきたディストリビューションでは、どれでも用意されています。インストールしておいて、maximaのグラフを描くコマンドを使う前に、このコマンドを実行してください。

set_plot_option([plot_format,geomview]);

3Dグラフを描くコマンドは、plot3dです。サンプルを載せてみます（長いですよ）。

plot3d(

[(3-cos(3*u))*cos(2*u)+(-3*sin(2*u)*cos(3*u))/sqrt(13*cos(3*u)^2-24*cos(3*u)+36)*cos(v)*0.5+((6*sin(2*u)*cos(3*u)-18*sin(2*u))*sin(3*u)-13*cos(2*u)*cos(3*u)^2+24*cos(2*u)*cos(3*u)-36*cos(2*u))/sqrt(52*cos(3*u)^4-408*cos(3*u)^3+1305*cos(3*u)^2-1944*cos(3*u)+1620)*sin(v)*0.5,

(3-cos(3*u))*sin(2*u)+(3*cos(2*u)*cos(3*u))/sqrt(13*cos(3*u)^2-24*cos(3*u)+36)*cos(v)*0.5+((18*cos(2*u)-6*cos(2*u)*cos(3*u))*sin(3*u)-13*sin(2*u)*cos(3*u)^2+24*sin(2*u)*cos(3*u)-36*sin(2*u))/sqrt(52*cos(3*u)^4-408*cos(3*u)^3+1305*cos(3*u)^2-1944*cos(3*u)+1620)*sin(v)*0.5,

sin(3*u)+(2*cos(3*u)-6)/sqrt(13*cos(3*u)^2-24*cos(3*u)+36)*cos(v)*0.5+(9*cos(3*u)*sin(3*u))/sqrt(52*cos(3*u)^4-408*cos(3*u)^3+1305*cos(3*u)^2-1944*cos(3*u)+1620)*sin(v)*0.5],

[u,-%pi,%pi],[v,-%pi,%pi],['grid,160,40]);

三つ葉の結び目を立体にしたものが描けます。

Windows版GNU Emacsの設定ファイルのありか

Linuxの話題ではないですが、Emacsをよく使うようになったため、Windows上でも使ってみることにしました。

そこで不思議に思ったのは、.emacsファイルがどこに置かれるのか（どこに置いたら読んでくれるのか）ということです。

しばらくありそうなところを探しても見つからなかったのですが、オプションのセーブを実行したところ、画面一番下に書き込んだファイルのパスが表示されたことに気づきました。

Windows 7の場合ということになりますが、

C:\ユーザー\[ユーザー名]\AppData\Roaming\.emacs

でした。

これで安心してカスタマイズできます。

imaximaへの対応状況

maximaは数式処理システムで、これまでに取り上げたすべてのディストリビューション（Debian, Ubuntu Fedora, Vine）で用意されています。

imaximaもあるととても便利なのですが、FedoraやVineにはパッケージとして存在してないので、ソースからインストールすることになります。

imaximaは(Debian系のパッケージ名はmaxima-emacs)は、emacsをmaximaのフロントエンドとして使用するもので、特に出力は、ghostscriptを使用した、とても見やすいものになっています。emacsからはM-x imaximaで呼び出します。

サンプルのショットはこんな感じです。

Windowsでも導入できないわけではないようですが、結構面倒そうです。

各ディストリビューションでのTeXworksの状況

TeXworksが最高のツールというつもりはないのですが、それなりに便利です。特に、私はまだ様々なTexの機能を使いこなせるレベルではないので。

これまでいくつかのディストリビューションでTeXworksをいじってきた結果を、少しまとめてみます。基準は、jsarticleを使用している、手持ちの日本語を含むファイルをちゃんと処理できるかという、ごく個人的なものです。

• Vine: インストール後、特に手を加える必要はなし。

• Kubuntu: ptex-binインストール後、pdfpLaTexタイプセットを作成すればよい。

• Debian Wheezy: 上に加えて、明朝がゴシックで表示されるので、フォントの設定を調整する。

• Debian Squeeze: 今のところまだちゃんと動かせない。

• Fedora 17,18: texlivesを（ディストリビューションのものではなく、外部から）インストールして、pdfpLaTexタイプセットを作成し、フォントの設定を調整。

今のところ、こんな感じです。

正八胞体の回転(2)

さて、回転操作で位数が8ということは、45度とか135度の回転に関係していることになるわけですが、正八胞体の面は正方形で、辺のなす角はすべて90度なので、どうしてそういう回転ですべての頂点が別の頂点に移動するのか、直感的にはなかなか理解しにくいかと思います。

これは、4次元以上の空間での回転は、3次元の回転とははっきり違う点があることによります。

こう表現してみます。

「4次元空間内の回転は、1点で互いに直交する2枚の平面内での2つの回転を組み合わせたものである」

「1点で」と書きました。3次元空間内では2枚の平面は一般に1直線で交わります。そうでなければ平行なので、1点で、ということはあり得ません。4次元では次元が1つ増えたことが関係しています。

後はまた次の記事で。

Fedora 18とKubuntu BetaのVMware共有フォルダ

VMware Playerには共有フォルダの機能があって、なかなか便利です。

通常はVMware Toolsをインストールして、設定を行うと使えるようになるのですが、Fedora 18、そしてKubuntu 13.04 Beta 1でも、これがうまく働きません。

VMware Toolsが、新しいカーネルにはまだ十分対応していないということなのかもしれません。

それでもすでに、パッチを作成している方がいます。

Fedora 18については、ここで紹介されている方法で、うまく動作させることができました。

Kubunuの場合にも同じ方法を使ってみました。ところがどういうわけか、シェルスクリプトをうまく実行させることができなかったので、シェルスクリプトを解読して、対応する操作を手作業で行ってみたところ、ちゃんと動作するようになりました。

VMware Toolsのバージョンがさらに上がって、簡単に行えるようになることを期待しています。

Kubuntu 13.04 Beta 1のモノスペースフォント

インストール後、いろいろ作業をしていたら、またKosoleが表示するモノスペースフォントがおかしくなりました。

前の記事に記した方法で対処しようとしたところ、変更するべき/etc/fonts/conf.d/69-language-selector-ja-jp.confが存在しません。 作成して（このパスはシンボリックリンクだったので参照先も）変更したところ、症状は解消しました。 ところで、こういうファイルはどういう基準で作成されているのでしょうね。

Kubuntu 13.04 Beta 1のインストール

Kubuntu 13.04 Beta 1のインストールを試みることにしたのですが、1つ問題が。

VMware Player上にインストールしようとしているせいか、インストーラ画面の端が切れていて、［進む］ボタンが（だろうと思うのですが）表示されません。

しばらく首をひねってから、解決法に気づきました。

Tabキーでダイアログ内のフォーカスを移動できるので、［戻る］ボタン（これは表示されている）の前後どちらかで［進む］ボタンにフォーカスが当たるのだろうと試してみたところ、［戻る］にフォーカスを当ててからShift + Tabで［進む］ボタンにフォーカスが移動するようです。

この状態にしてからEnterキーを押すことで、無事インストールを行えます。

正八胞体の回転

このところ、Linuxのいろいろなディストリビューションのことについて（TeXの話題が多かったですが）書いてきました。

これらのディストリビューションを何に使っているかというと、これもいろいろなのですが、このところしばらく、高次元の正多面体のことを調べています（分子の点群の研究の一種の延長と言えないこともない）。

Gapでは高次元正多面体の自己同型群をまず置換群で、それから行列群として構成してみて、Maximaでは行列群を用いてその固有値や固有ベクトルを調べてみています。

いろいろとおもしろい事柄があります。

三次元の正六面体の自己同型には、90度、120度、180度の回転が含まれていて、これらはそれぞれ位数4,3,2の元となっているわけで、これは三次元空間内ですからまずわかりやすいものです。

ところが、四次元の正八胞体の回転には、位数8のものもあります。どういう回転なのかちょっと直感的につかみづらいのですが、その性質を知るために固有値や固有ベクトルを調べています。

Fedora 18のtexworks

前の記事で記したようにplatexまでインストールしてから、texworkをインストールし、この記事のようにpdfpLaTexタイプセットを設定すれば、jsarticleなどを使用したTeX文書も処理できるようになります。

ただ、VMware Playerでは、Fedora 18 での共有フォルダの扱いがまだ完全ではなく、hgfsで共有フォルダにアクセスできないので、あまり頻繁に使うことにはならないと思います。VMware Toolsのさらなるアップデートを期待したいところです。

TeXLiveのインストール（参照先のみ）

SqueezeやFedoraでのTeXLiveのインストールは、ここ を参照して行いました。

Fedora 18のplatex

Fedora 18の場合、platexは

#yum install texlive

#yum install texlive-ptex-bin

とすると入るようです。

Fedoraでyumが非常に低速なミラーばかり選択しているようなとき

/var/cache/yum/x86_64/18/にあるtimedhostsファイルに変なデータが入ってしまっているのかもしれません。

このファイルをいったん消してからyumを再実行すると、普通の速さになることがあるようです。

パスの中の"/x86_64/18/"の部分は、アーキテクチャとFedoraのバージョンに応じて違ってくるはずです。

UbuntuやDebianのTeXworksを使いやすくする(4)

Squeezeですが、TeXliveを配布isoイメージからインストールしてみたのですが、やはりjsarticleが扱えません。

ただ、Fedora 17の場合、ptex-binといったパッケージは通常のyumレポジトリには存在しませんが、TeXliveをisoイメージからインストールした場合には、Wheezyと同様の方法で、TeXworksでjsarticleを使用した日本語TeXファイルを扱えることを確認しました。

Fedora 18も調べてみます。

UbuntuやDebianのTeXworksを使いやすくする(3)

さて、Squeezeなのですが、このままではjsarticleを使用した文書を処理できません。このあたりは、TeXlive全体をインストールしてみて、さらに確認したいと思います。

UbuntuやDebianのTeXworksを使いやすくする(2)

前の記事で説明した方法でpdfpLaTeXタイプセットを作成すれば、Wheezyでも、Vineの場合とほぼ同様のことができます。

ただ、このままだと作成されたPDFの明朝のはずのフォントもゴシックで表示されてしまいます。対策は、次のような内容の、/etc/fonts/local.confファイルを作成することです(ここ を参考にさせてもらいました)。

<?xml version="1.0"?>

<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">

<fontconfig>

<match target="pattern" name="assign">

 <test qual="any" name="family">

 <string>Ryumin</string>

 </test>

 <edit name="family" mode="assign">

 <string>IPAMincho</string>

 </edit>

</match>

<match target="pattern" name="family">

 <test qual="any" name="family">

 <string>GothicBBB Medium Identity H</string>

 </test>

 <edit name="family" mode="assign">

 <string>IPAGothic</string>

 </edit>

</match>

</fontconfig> あと、タイプセット時に警告が出るのですが、これはEnterでそのまま進めます。

LED電球のスペクトル

しばらく前に、仕事部屋の照明をLED電球に変えました。

黄色と青が主成分であると聞いていたので、直視分光計で見ると、なるほど青緑あたりの発光が弱いようです(500 nmより少し短いところ)。

うまくスペクトルを撮影してページに掲載したいのですが、光源が小さいせいかなかなか難しいです。

UbuntuやDebianのTeXworksを使いやすくする

VineのTeXworksにはpdfpLaTexというタイプセットが用意されていて、日本語が扱いやすくなっているのですが、他のディストリビューションにはないようです。それで、これを移植してみます。

まずVineのTeXworksの設定を確かめます。[編集] > [設定]で表示されるダイアログで、[タイプセット] タブを選択すると、下のリストに各種タイプセットが表示されます。pdfplaTexを選択して右側の[編集]ボタンをクリックすると定義を見ることができますが、それによるとpdfplatexというプログラムに$basenameという引数を与えるように定義されています。

他のディストリビューションでも同じように定義をしてやればよいのですが、このpdfplatexというプログラムは他のディストリビューションには存在しません。検索して調べてみると、これは実際には次のようなシェルスクリプトであることがわかります。

#!/bin/bash

## pdfplatex: support platex for TeXworks via dvipdfmx

platex -kanji=utf8 $1 || exit 1

dvipdfmx -r 1200 $1 || exit 1

これを作成して、適切な場所に置けばよいのですが(Vineでは/usr/binにあります)、もうひとつ問題があります。このスクリプトで呼び出しているplatexは、UbuntuやDebianのデフォルトではインストールされていません(ちなみに私が実際に使用しているディストリビューションはKubuntuの方です)。

調べてみると、ptex-binというパッケージをインストールしてやれば入るようなので、インストールします。依存関係でインストールされるパッケージは、Squeezeでは少数ですが、WheezyやUbuntuではかなりの数が入ります。

その上で、pdfplatexスクリプトを作成し、TeXworksでpdfplaTexタイプセットを定義すれば、使えるようになります。Kubuntuではこれでよいのですが、Wheezyなどではまだ問題があります。その点についてはまた後で。

Kubuntuのインストールメモ

Kubuntuのインストールもやり直してみたところ、今まで気づいていなかった点がいろいろあったので、忘れないうちにメモします。かなりの点はDebianと共通ですが、

・aptitudeは最初入っていない

・gccは入っていないが、makeとカーネルヘッダーは最初から入っている

・しかし実際にはVMware Toolsのインストールでgccとヘッダーは使用しない（コンパイル済みモジュールをインストールしている模様）

・emacsは23と24が用意されていたので、24の方をインストール

・しかしmozcを使用するべくemacs-mozcをインストールしたら、23もインストールされた

・実はVLゴシックではなく、Takaoゴシックの方がインストール済みだった。今のところKonsoleのモノスペースフォントはきれい（TeX関連でIPAフォントがインストールされると変になるのだろうか）

とりあえずこんな感じです。24でimaximaは使えるだろうか?

それから、今日のWiMAXはさらに速くなっており、瞬間最大速度で14Mbps出てました。

Kubuntuのモノスペースフォントとか

Kubuntuのモノスペースがフォントサイズによっては美しくないという問題ですが、ここ の情報を参考に、VLゴシックの割り当てを一番上にしてみたところ、期待通り解消されました。

それから、Debian SqueezeとWheezyで、ホストとゲスト間のマウスカーソルの移動がシームレスに行かないという問題ですが、ロジクールのマウスを使用していたので、SetPointユーティリティで中ボタン（ホイール）にAlt+Ctrlを割り当てて、VMwareゲストからマウス入力が解放されるようにして、当面しのぐことにしました。当然、ゲスト上では中ボタンが使用できませんが、元々全然使用していなかったので、特に気にはなりません。

ついでに、Debian系ではvisudoを実行すると、viではなくnanoが起動します。Fedoraでは本当にviでした。前に書いたかな?

Squeezeインストールの続き

VMware Toolsもインストールします。この時点ではまだmakeもgccもインストールされていないので、先にインストールしておきます。

# aptitude install make gcc

カーネルのヘッダファイルも必要となるので、

# uname -r

でカーネルのバージョンを確認して、インストールしておきます。

# linux-headers-2.6.32-5-amd64

VMware PlayerでVMware Toolsのインストールを選択、.tar.gzファイルを適当な場所にコピーし、展開します。展開ディレクトリの中で

# ./vmware-install.pl

を実行します。通常はほとんどデフォルトのまま、Enterを押していけばいいはずです。ヘッダファイルをインストールしていないと、スクリプトに文句を言われるので、Ctrl-Cとかで中断して、先にインストールしておきます。

インストール終了後に

$ vmware-user

を実行するのですが、私の環境ではなにやらエラーが出ました。どうもこれは、仮想マシンとホストの間のカーソル移動がスムーズに行かないことと関係しているようです。バージョンアップで直るといいですが。


追記ですが、少し前の記事で、Kubuntuのモノスペースがフォントサイズによってはきれいに表示されないということを書きました。Takaoゴシックをアンインストールすればよいのかと思いましたが、そういうことではなく、アンチエイリアス処理に問題があるようです。当面、Knosoleでは、Ubuntu Monoを使用することにします。

今日はWiMAXが速かった

ちょっと追記。

瞬間最大速度では10Mbps以上出ていたみたいです。

日によっては遅いこともありますが。

VMware PlayerにDebian Squeezeをインストール

インストールメモです。

・VM Playerは推奨メモリとして512MBを提示するのですが、確かこれではグラフィカルインストールができなかったように記憶しています。

・デスクトップの標準はGnomeですが、KDEで使用するなら（Gnomeを今後使うつもりがなければ）、インストール画面で基本システムだけインストールして、起動後にKDEをインストールした方が、ディスク容量が少なくてすむでしょう。

この場合、最初はXが入らないので、テキストコンソールから、

# LANG=C aptitude install kde-plasma-desktop
# LANG=C aptitude install kde-l10n-ja

でインストールして、再起動します。LANG=Cを付けておくのは、テキストコンソールでは日本語が表示できなくて、文字化けするからです。

あとこのままだと、KDEのモノスペースフォントの表示が変なまま（たぶんどれかの明朝系フォントに割り当てられている）ので、KDE開始後に

# aptitude install ttf-vlgothic

でVLゴシックなどをインストールするのがよいでしょう。

あと、これと関連して気づいたのですが、Kubuntuではモノスペースの表示がフォントサイズによってはあまりきれいではありません。試みに、Takaoゴシックを削除してみたところ、Squeezeと同じになりました。理由はよくわからないのですが、特定の小さなフォントサイズに対応するビットマップが存在しないのかもしれません。

現在使用しているディストリビューション

今のところ、次のディストリビューションをVMware Player上で使用しています。

Kubuntu, Debian Squeeze, Debian Wheezy, Fedora 17, Vine; すべて64ビット版です。このほかに、ちょっと都合があって、CentOS 4の32ビット版も使用しています。大部分をKDEで使用しています。

Kubuntuを先頭に挙げたのは、使用したいプログラムやアプリケーションが今のところ一番よく揃っていて、メインに使用しているものとなっているからです。それらも列挙してみると、

zsh, emacs, maxima (imaxima), geomview, texmacs, texworks, gap, ghc;

Kubuntu以外のものでも、できるだけ上記のプログラムを動かせるように試みています。

再開しようかなと

思うところがあってしばらく中断していたのですが、再開してみようかなという気になりました。

いろいろな自分の作業の備忘録として役に立つのではと思っています。

これまでの量子化学関連の記事の他に、VMware Player上での各種Linuxディストリビューションや、Androidスマートフォンとそのアプリについて書くことになりそうです。