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2006年4月29日 (土)

追加完了

水素原子の波動関数の64フレーム版の残りの分(n=4のもの)を追加しました。

さて、後は何をしようか...。

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64フレーム版

水素原子の波動関数のGIFアニメに、64フレーム版を追加しました。

基本的に、16フレーム版と同じデータですが、フレーム数が増えた分だけ動きが滑らかになっています。

ただ、重い(それぞれ数メガバイト程度)ので、注意してください。

なお、今のところn=3までです。

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2006年4月23日 (日)

引き続き更新中

水素原子の波動関数の、n=4のものを追加しました。

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2006年4月22日 (土)

WeirdXによるMoldenの使用

しばらく前に予告しましたが、WeirdXによるMoldenの使用方法について書いてみます。

基本的な方法は、Freewareソフトを使ってWindows95&98上で分子軌道計算 に従っていますが、なるべく最新の情報の更新しておきます。

まず、Javaが必要です。とりあえずJREでいいはずで、http://www.java.com/ja/download/manual.jspからインストールできるでしょう。

次に、WeirdXをダウンロードし、適当なディレクトリに展開します。

次に、2つほどファイルを書き換えます。1つはmiscフォルダ内のweirdx-Java2.batで、先頭部分をたとえば次のように書き換えます。

@echo off

set PATH="c:\Program Files\Java\j2re1.4.2_10\bin"
set WEIRDX_HOME=d:\weirdx-1.0.32\misc

これらのパス名は、JavaとWeirdXのインストール先に合わせて書き換えてください。

次に、misc\configのpropsファイルを書き換えます。

#weirdx.windowmode=InBrowser
#weirdx.windowmode=Rootless
weirdx.windowmode=RootlessWM

InBrowserの行をコメントアウトし、RootlessWMのコメントアウトをはずします。これで、RootlessWMモードになります。これにより、Windowsのデスクトップ上で複数のXウィンドウを表示し、配置できるようになります。

それから、xdmcpのセクションを以下のように書き換えます。

# xdmcp
#weirdx.xdmcp.mode=query
weirdx.xdmcp.mode=boradcast
#weirdx.xdmcp.mode=indirect
weirdx.xdmcp.address=127.0.0.1:2.0

そして、Moldenのインストールですが、今確認しに行ってみたところ、現在、Molden配布サイトのサーバーの調子がおかしいようです。これについては後ほどまた見てみるとして、とりあえず以下の内容のmolden.batというファイルを作ります。

set DISPLAY=127.0.0.1:2.0
molden.exe

これで、weirdx-Java2.bat、molden.batのように実行すれば、Moldenが起動するはずです。

もし、うまく行かなかったと言う方がいらっしゃいましたら、このブログのコメントで問い合わせてみてください。


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2006年4月21日 (金)

水素原子のGIFアニメ更新中

水素原子のGIFアニメを更新中です。

今回は1Sも入っています。主な変更点としては、スケールの標準化があります。電子密度に半径の2乗を掛けたものが最大値になるところを、縦横の幅にしました。

今のところ、16フレームのデータだけですが、64フレーム版も用意しているので、そのうち追加します。

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2006年4月 9日 (日)

キュバンのVRMLを追加

キュバンのVRMLを追加しました。

例によって重いです。

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英語版

英語版を作りました。

Googleのイメージ検索で2Pxを検索すると、私のサイトのデータも見つかるようなので、日本語を読めない方にもサイトを見てもらいたいと思い、用意しました。

ついでに、VRML関連のページに、Cortonaプラグインへのリンクを付けました。

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2006年4月 8日 (土)

それから

それから、基準振動データの背景jpegのみ差し替えました。今までのは、ちょっと間延びした感じがしていたので。

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ついでに

ついでに、キュバンのGIFアニメデータもココログ側に移して、Webサイトの容量を空けました。

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ネオペンタンの振動を追加

ネオペンタンの振動を追加しました。

GIFアニメ画像をWebサイト側に置こうと思ったら、容量制限にかかってしまったので、ココログ側に置きました。

今度はサイズが180*180で、19枚です。ますます重いですが、良かったら見てみてください。

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2006年4月 6日 (木)

VRMLを追加

VRMLを追加しました。CF4の分子軌道です。

1つあたりのデータが大きい(5MB程度)ので、ご注意ください。

それから、VRMLプラグインも必要です。私はCortonaを使っています。

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2006年4月 5日 (水)

ちょこっと

ちょこっと更新しました。

ココログ側にデータを置く実験を兼ねて、2Pxと3Dzの64フレーム版を追加しました。動きはなめらかですが、データ量が大きいので、遅い回線だと、読み込みに時間がかかります。

よければ見てみてください。

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2006年4月 2日 (日)

おもちゃ箱の隅つつき(8)

さて、プログラムやデータとは直接関係ないのですが、点群やその表現について少し書いてみます。

Webページの分子軌道や振動のところでA1とかT2とかいう記号が出てきて、これはいったいなんだろうと思った方もいるでしょう。これらは分子の属する点群の表現を表す記号で、個々の分子軌道や基準振動はそのどれかの表現に属します。

この辺のことは、大学で量子化学を勉強すればある程度出てくると思います。もっとも、私も講義は聴いたのですが、ちゃんと勉強しなかったので、ずっとよくわからないままでした。(^^;;;

ところが、「実践量子化学入門」に付属するWinMOPAC BB版を使って分子軌道を表示させると、軌道ごとに1t2とか2a1とかいう記号が出てきます。ここで、はて、これは何だ、ということになりました。

というわけで、対象性や点群、表現や指標について勉強しなおしました。ちなみに、AやBは1次元表現、Eは2次元表現で、T (GAMESSの出力ファイル内ではF)は3次元表現です。

ついでながら、Ihにはなぜか4次元表現のGとか5次元表現のHとかがあります。3次元空間内の分子なのに4次元、5次元とはこれいかに、という感じですが、これはむしろ置換群の表現と関連しており、空間としての4次元や5次元と直接関係しているわけではないようです。

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名案!?

おもちゃ箱の隅つつき(5) で、「ギガバイト単位のフリースペースがあれば」と書いたのですが、よく考えてみれば、このココログの方に、ちゃんと2GBのスペースがあったのでした。(^^;;;

というわけで、準備ができたら、こちら側にVRMLのデータを置き、Webページ側からリンクして、見られるようにしたいと思います。

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2006年4月 1日 (土)

おもちゃ箱の隅つつき(7)の補足

そういえば、port:3016のs2kさん(お世話になっております)のところで、GAMESSでの対称性の指定方法の話が出ていましたので、トラックバックしておきます。

というか、トラックバックの使い方、今までわからなかった(^^;;;

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おもちゃ箱の隅つつき(7)

結構忙しい仕事の合間を見ながら、連続して投稿しています。逃避?

これまでに構造最適化、基準振動の分析を行った分子としては、次のようなものがあります。対称性ごとに示してみます。

Td:メタン、CF4、ネオペンタン、P4、P4O6、P4O10、アダマンタン
Oh:キュバン、SF6
Ih:ドデカヘドラン、C60
D6h:ベンゼン、コロネン
D3d:エタン、シクロヘキサン(舟形) (椅子型、修正しました)
D4d:S8

ちなみに、GAMESSは現時点ではIhをサポートしていないようなので、代わりにThを使っています。

それから、気づいている方も多いと思いますが、Webページの背景は、C60の分子軌道や基準振動を使っています。

ではまた。

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おもちゃ箱の隅つつき(6)

Molekelですが、現在のところ、GAMESSで最適化した構造の確認と、分子振動のアニメーションで使用しています。

ただ、分子振動については、GAMESSで対称性を指定しても、対称性の良い(対称性がはっきりわかる、対角化された)表現にはなりません。

それでどうしているかというと、e、t2、t1などについては、適当に直交変換し、対角化しています(Excelを使っています)。

ただこれも、ネオペンタンのt1など、中心原子が振動しないものだと結構難しく、苦労しました。

(ネオペンタンの振動データはまだアップしていませんが、これは今のところ下ごしらえ中ということで)。

ではまた。

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おもちゃ箱の隅つつき(5)

なぜか連続して投稿しています。

Moldenには可視化した分子軌道をVRMLとして出力する機能があるのですが、分子軌道をマウスでぐるぐると回転できるのはなかなか楽しいです。

結構いろいろな分子の軌道をVRMLにしてあるので、Webで公開できるとうれしいのですが、1つあたり数メガバイトものサイズがあるので、現状ではすぐ容量の限界に達してしまいます。ギガバイト単位のフリースペースがあれば、などと思います。

POV-Rayはフリーのレイトレーシングプログラムです。Webでレイトレーシング画像として公開しているものは、これを利用しています。ただ、そのままだとちょっと面白くないので、表面を色ガラス風にし(透過率と屈折率を付けた)、下に平面を追加しています。

次回はMolekelかな?

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おもちゃ箱の隅つつき(4)

さて、Moldenですが、多分MOLDAのリンク集から見つけたのだと思います。

ところでこれは本来X上のアプリケーションなので、最初はLinux上でコンパイルして使用していました。最初は別のマシンで、それから確かVMWAREを使用して、Windows上でのGAMESSの計算結果を持ち込んで可視化していたのですが、ちょっと面倒でした。

そうするうちに、「Freewareソフトを使ってWindows95&98上で分子軌道計算」のページで、Windows上でフリーのXサーバー(WeirdX)を使用する方法について知りました。この場合、MoldenもWindiows版を使用することになります。

このページの内容はちょっと古いらしく、Windows 2000やXPで動かす場合には多少の手直しが必要でしたが、無事Windows版のMoldenを動かせるようになりました。このあたりについての詳しい情報を希望される方がいらっしゃいましたら、コメント欄などでリクエストしてください。

さて、Moldenには分子軌道をVRMLやPOV-Ray用のソースとして出力する機能があります。次回はこれらについて書きます。

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